エタノールは主として肝臓で酸化されてアセトアルデヒドになり、さらに酢酸へと代謝されます。アセトアルデヒドの分解が遅い体質のひとは、少量の飲酒でフラッシング反応（顔が赤くなる。吐き気がする。動悸がする。眠くなる。）を起こし、比較的少ない量の飲酒で二日酔いも起こします。

アセトアルデヒドは実験動物に発癌性があり、ヒトの食道癌の原因にもなります。この物質はDNAやたんぱく質と結合しやすい性質を持ち、発癌など種々のアルコール性臓器障害の発生に関与すると考えられています。
アルコール飲料には生産の過程で高濃度のアセトアルデヒドが含まれており、たばこ煙からも高濃度のアセトアルデヒドが検出されます。

口腔内や消化管内は、常在細菌によりエタノールから高濃度のアセトアルデヒドが作られるため、特に高濃度のアセトアルデヒドに暴露されます。
アセトアルデヒドはヨーグルトのフルーツ風味を作るためなど極微量は食品に添加されることもありますが、食品添加の超低濃度では発癌に関係しません。