非外科的な根管治療を行なっても症状が改善しない場合には、感染が残存している部分を外科的に取り除く処置（抜歯など）が必要となります。歯の全体を抜歯して、感染している部分を取り除くのではなく、歯の一部分だけを外科的に取り除くことで、症状の改善を図るのが歯根端切除術の目的です。

全ての歯に対して行なえるわけではなく、一般的には根が一つの歯（前歯、小臼歯）に対して行なわれます。大臼歯といった後方の歯は、術野が狭くなるため手術が困難であるため、あまり行なわれません。

また、金属の土台が長く、除去することが困難で、非外科的根管治療が不可能な場合、歯根端切除術が行なわれる場合もあります。